El Gobierno de Navarra ha aprobado la nueva estructura de los tres organismos autónomos que sufren modificaciones respecto a la legislatura anterior: el Instituto Navarro de Administración Pública (INAP), Hacienda Tributaria de Navarra y el Servicio Navarro de Salud-Osasunbidea.
Por su parte, los organismos autónomos que no experimentan variación son la Agencia Navarra de Emergencias (ANE), adscrita al Departamento de Presidencia, Justicia e Interior; el Instituto Navarro de Salud Laboral, adscrito a Salud; y los Institutos de Bienestar Social; de Deporte y Juventud, e Instituto Navarro para la Igualdad, dependientes todos ellos del Departamento de Bienestar Social, Deporte y Juventud.