Investigación preliminar: Las solicitudes de familiares y de personas que aporten información es el punto de partida de todas las actuaciones. La información corresponde a los datos relativos a la persona desaparecida, el lugar de enterramiento y la fecha y circunstancias en que tuvo lugar, que deberá acompañarse de mayor documentación posible. Con estos datos se deberá elaborar una ficha con los datos de quienes aportan la información, de las personas desaparecidas, de las circunstancias de la desaparición y de los familiares vivos disponibles. Con estos datos se elabora un informe a partir del cual el Departamento de Presidencia, Justicia e Interior del Gobierno de Navarra evalúa la viabilidad de la exhumación a los efectos de continuar con las fases siguientes.

Exhumación. La Administración pública o entidad que realice la exhumación deberá elaborar, un informe previo sobre la ubicación y características de la fosa y un proyecto de exhumación que describa la descripción de los trabajos, metodología, medios humanos y materiales a emplear y memoria económica del proyecto. Los trabajos deberán contar con las autorizaciones por escrito de los descendientes directos de los fallecidos, permiso de acceso a los terrenos y las autorizaciones correspondientes en materia de procedimientos arqueológicos y de sanidad mortuoria, así como permisos municipales si fueran necesarios.

En esta segunda fase, el protocolo establece las características de los componentes del equipo de excavación (arqueólogos, expertos en antropología forense, médicos tanatólogos si la exhumación es dentro de un cementerio, e historiadores), la documentación de las tareas, los criterios de confidencialidad y respeto a las víctimas, los procedimientos de excavación y de conservación de los materiales extraídos, así como las condiciones de su levantamiento y traslado. Al término de la exhumación se redactará un informe para su traslado al Gobierno de Navarra.

Investigación forense: El examen de los restos óseos y demás evidencias deben ser sometidas a un proceso de identificación, data y circunstancias del fallecimiento, de acuerdo a procedimientos normalizados y especificaciones aceptadas por organismos de acreditada solvencia y neutralidad. La investigación forense dará lugar a un informe que contenga la descripción de la persona descubierta, las relaciones de las operaciones practicadas y su resultado, y las conclusiones periciales.

Informe final. Al término de estas operaciones se deberá elaborar un informe completo, que incluirá las aportaciones de los especialistas que hayan participado en el procedimiento, que el solicitante remitirá al Departamento de Presidencia, Justicia e Interior del Gobierno de Navarra, correspondiendo a éste considerar la opinión de los familiares a los efectos de las condiciones del tratamiento y difusión que se pretende realizar de los informes, noticias, artículos y fotografías relacionadas con las intervenciones. Este Departamento incorporará los resultados del informe al mapa de fosas.

Destino de los restos. De los restos identificados se dispondrá según la voluntad de los familiares; los no identificados serán inhumados en el cementerio de la localidad donde se encuentra la fosa o en lugar autorizado por la Administración competente previo informe del Instituto de Salud Pública de Navarra y de conformidad con la normativa de sanidad mortuoria. Estas actuaciones se desarrollarán salvo resolución judicial que acuerde otra cosa.