El órgano de gobierno de la entidad es el patronato, formado por 9 patronos, que son cargos personales e indelegables, no retribuidos; sin sujeción a mandato y cuya ejecutoria se guiará por la ética y la responsabilidad en el ejercicio del cargo. Los requisitos exigidos por los Estatutos para ser patrono son: la honorabilidad comercial y profesional, y preparación y experiencia acordes con el ejercicio de esta función. Además, se requiere residencia habitual en Navarra, ser mayor de edad y no estar incapacitado ni inhabilitado. El régimen de incompatibilidades excluye para la función de patrono a los cargos electos de la Unión Europea, del Estado, comunidades autónomas, incluida la foral de Navarra, y entidades locales, y a los altos cargos de la Administración de Navarra, del Estados y de las entidades locales y en cualquiera de las entidades vinculadas o dependientes de estas administraciones, así como a los que ocupan cargos ejecutivos o directivos en partidos políticos, asociaciones empresariales y sindicatos. La duración del cargo es de 4 años y se prevé una sola reelección.

Los patronos representan a: 1) las entidades fundadoras. (un patrono designado por el Gobierno de Navarra y otro por el Ayuntamiento de Pamplona); 2) entidades representativas de intereses colectivos en el ámbito de actuación de la Fundación (tres patronos por el Parlamento de Navarra entre personas de reconocido prestigio profesional en los ámbitos empresarial, sindical y universitario); 3) personas de reconocido prestigio profesional en las materias relacionadas con los fines sociales de la Fundación: (tres patronos designados por el Gobierno de Navarra, elegidos entre las ternas presentadas por: el Consejo Navarro de Bienestar Social, el Consejo Navarro de Cultura y el Consejo Navarro de Salud); 4) personas con conocimientos y experiencia específicos en materia financiera (un patrono designado por el Gobierno de Navarra) entre personas con acreditado conocimiento y experiencia específica en materia financiera.

El patronato tendrá un presidente, elegido por los patronos de entre ellos, y un secretario, que no puede ser un patrono, sino un profesional empleado o contratado.

Código de Buen Gobierno

Los Estatutos establecen como novedad un Código de Buen Gobierno, que recoge las premisas de ética, transparencia y rendición de cuentas. Este código incluye:

a) Deberes de los patronos: los patronos desempañarán sus cargos con la diligencia de un representante leal y actuarán de forma colegiada y activa.

b) Principios y reglas de actuación: tales como actuar en beneficio exclusivo de la Fundación, ejercer las funciones con honestidad y buena fe absteniéndose de intervenir cuando pueda afectar a la objetividad, la prohibición de obtención de beneficios o ventajas personales en razón de la condición de patrono y la prohibición de entregar y aceptar regalos fuera de los habituales, sociales o de cortesía.

c) Conflicto de interés: además de una previsión específica de incompatibilidad, se regulan las situaciones de conflicto de interés en que puede incurrir el patrono, bien de forma directa, bien por sus familiares próximos o bien por sociedades participadas o controladas, a fin de asegurar la honestidad e imparcialidad en el ejercicio del cargo.

d) Responsabilidad de los patronos: responden solidariamente ante la Fundación por los daños y perjuicios que causen por actos ilegales o realizados sin la diligencia debida.

e) Prohibición temporal de ejercer cargos retribuidos en la Fundación: en los dos años posteriores al cese como patrono, éste no podrá ser contratado por la Fundación, su entidad participada o entidades por ellas controladas.

f) Publicidad y transparencia: se fija la publicidad de determinados actos de la fundación (cuentas, presupuestos, plan de actuación), la publicidad de otros actos y en materia contractual la atención, en cuanto sea posible, a los principios de publicidad, concurrencia, transparencia, confidencialidad, igualdad y no discriminación.

g) Auditoría de cuentas y otros controles: las cuentas se someterán a auditoría de cuentas, sin perjuicio de las facultades de control del Protectorado.

h) Informe anual de Gobierno Corporativo: debe publicarse, cuando sea obligatorio, este informe y comunicarse a las autoridades competentes, lo que recoge la previsión del borrador de Ley de Cajas de Ahorros y Fundaciones Bancarias, actualmente en fase de tramitación. Ello sin perjuicio de elaborar y publicar en todo caso la memoria anual que debe acompañar a las cuentas, cuyo contenido se ha ampliado y precisado.