1844. urtean sortu zenetik, Monumentuen Batzorde Probintzialak pieza esanguratsuak biltzen hasi zen. Haiekin, 1910eko ekainaren 28an, Artearen eta Aintzinako Objektuen Museo Probintziala inauguratu zen Nafarroako Comptos Ganberan, egungo Nafarroako Museoaren jatorrian.

1940an Vianako Printzea Erakundea sortu zen, eta XVI. mendean Nuestra Señora de la Misericordia ospitale moduan jaiotako eraikina Nafarroako Museo izateko eman zuen, une hartako instalazio modernoenak jarriz.

Bere lehen instalazioan Joaquin Mª Navascues-ek izan zen zuzendari, eta 1956ko ekainaren 24an ireki zen jendearentzat. Ordutik eta, 1998ra arte, Mª Angeles Mezquiriz Irujok zuzendu zuen. Zenbait urtez Nafarroako Unibertsitateko Estudio Orokorraren egoitza izan zen 1950 eta 1960 hamarkadetan, Museoaren Kapera, Unibertsitearen Kapera izanik.

1990. urtean, birmoldaketa-lanengatik hainbat urtetan itxita egon ostean, berriz ere ireki zen itxura funtzional eta modernoarekin, Garces y Soria estudio katalanaren proiektuaren emaitza izanik.

2011ko apirilean, oztopo arkitektonikoak kentzeko prozesu baten ondoren, azken hogei urteotan Nafarroan izandako arkeologia-aurkikuntzen emaitza erakusten duen Historiaurreko Areto berria aurkeztu zen.

Nafarroako Museoaren inbentarioan 49.457 piza jasota daude. 1948an Iruñeko katedraletik etorritako ondasunak azpimarratu behar dira (klaustroko kapitel erromatarrak, horma-pintura gotikoaren taldea, monetarioa); 1955ean Orizko Jauregitik ekarritako horma-pinturak –familiak dohaintzan emana-; Leireko kutxatila 1966an; San Adrian de Goya Markesaren erretratua 1966an –bere oinordekoei erosita-; Nafarroako Pintura eta Eskultura Sarietan irabazle izandako arte garaikideko obrak, eta argazki-bildumak, besteak beste.

Bertako bilduma arte eta ondare nafarraren adierazgarri da, Historiaurretik hasita gaur arte. Nazioartean oihartzun handia duten piezak ditu, Abauntzeko Mapa, esaterako (mosaiko erromatarren bilduma bat); Leireko kutxatila hispaniar-musulmana; Iruñeko katedraleko klaustroko kapitel erromatarrak; Nafarroako horma-pintura gotikoaren bilduma bat edo San Adrian de Goya Markesaren erretratua.

Maila hurbilago batera etorriz, Javier Ciga, Jesus Basiano eta Julio Martin Caroren obrak daude; edo Ardanaz, Irurzun eta Zaragüetaren argazki-funtsak.

Arte garaikideko bilduma bat ere badago, museoko funtsen erdia dena gutxi gorabehera, eta baita artista nafar garaikideen Dokumentazio Zentro bat ere; azken hori ezinbestekoa da garai hori ikertzeko. Bilduma, Artxibo eta Liburutegiaren arduraduna Javier Zubiaur da.

1985 eta 2003. urteen artean, gainera, Museo, Ondasun Higigarri eta Arkeologia Atalean eta bertako biltegietan ere, museoan bertan egindako indusketen ondoriozko aurkikuntzak egin ziren.

Liburutegia nabarmentzen da, 22.000 liburukirekin espezializatua, eta jendeari irekitako Nafarroako Gobernuaren Liburutegien Sarearen barnean dago; bertako katalogoa informatizatuta dago, eta Internetez kontsulta daiteke.

Museoa ikasleen bisitetarako ere zabalik dago, eta haiek antzezpenak ikusi edo tailerretan parte hartzen dute. Ekintza aitzindari gisa, ezinduentzako jarduerak ere prestatu dira ONCEren lankidetzari esker bereziki, eta jarduera horiek sarituak izan dira.