Zonisamidaren ekintza-mekanismo zehatza ez da ezagutzen, baina krisien zabaltzearen inhibizioa badirudi lotzen dela T motako kaltzio-bideen blokeoarekin eta tentsioarekiko sentikorrak diren sodio-bideekin; era horretan, deskarga konbultsiboak gutxiago hedatzen dira.

Ia guztiz xurgatzen da ahotik hartu eta gero, eta plasmako edo serumeko kontzentraziorik handienak 2-5 ordura lortzen dira. Ahozko biodisponibilitatea ez da kaltetzen elikagaiak hartzeagatik, janariak serumeko eta plasmako kontzentrazio handienak atzera baditzake ere. Nagusiki CYP3A4 eta N-azetilazio bidez metabolizatzen da; azido glukoronikoarekin ere elkar daiteke.

 Ezabatzearen erdibizitza 60 ordu ingurukoa da. CYP3A4 induktoreen aurrean (karbamazepina, fenitoina, fenobarbitala) txikiagoa izan daiteke. Bereziki gernu bidez iraizten da. Dosiaren %15-30 aldatu gabe ezabatzen da.